三水区农林渔业局设8个职能科室和1个直属行政单位及5个下属事业单位
一、内设机构
（一）办公室
负责文电、会务、机要、档案等机关日常工作；承担信访、保密、新闻宣传、财务、接待、保卫、后勤等工作；协调局机关政务工作；负责机关和指导下属单位的党群工作和计划生育工作，承担人事管理、劳动工资和离退休人员管理服务等工作。
（二）林业管理科（区绿化委员会办公室、区森林防火指挥部办公室）
承担森林资源管理规费征缴和管理工作；负责对林业建设工程资金的使用情况进行管理和监控，确保专款专用；负责森林资源的调查和保护、林业建设方案的审定；组织实施生态公益林建设，山地、农田林网的植树造林和全民义务植树；指导林业行政管理工作；监督森林病虫害、有害生物的防治及古树名木的管理；负责植物（林业）的防疫和检疫工作；林地资源保护和征占用管理；协调、指导各镇（街道）做好林业的建设工作；开展林业的科技研究及新技术、新工艺的推广应用；负责林业信息管理数据资料的统计和上报；负责森林防火工作；负责除市场流通外的野生动物、植物资源保护工作；承担区绿化委员会和区森林防火指挥部的日常工作。
（三）畜牧兽医管理科（区动物防疫监督所）
承担畜牧业发展政策规划的拟定和执行、畜牧业经济信息分析；负责兽医医政、兽药药政、畜牧兽医行业的行政管理；负责食用动物养殖环节到进入批发、零售市场或生产加工企业前的质量安全监督管理；负责兽药、饲料、饲料添加剂等投入品的质量及使用的监督管理；负责动物的防疫和检疫，动物疫情的监测、控制和疫病的扑灭工作；研究拟订牲畜屠宰管理的办法和措施，对牲畜屠宰活动实施监督管理；负责牲畜定点屠宰管理。
（四）农村管理科
指导村级集体经济的发展；拟定农业产业化经营有关措施；协调政策性农业保险工作；负责农村集体资产、集体经济组织、农业龙头企业、农民专业合作经济组织、农村土地承包及经营权流转和合同、干部报酬、统计调查与资料管理及农民负担监督工作；负责全区社会主义新农村建设。
（五）农业发展科
对全区农业生产进行宏观管理；实施科技兴农，发展农产品流通和深加工；负责农业科研、安全生产、应急管理和环保的综合协调；负责植物（农业)的防疫和检疫，植物疫情的监测、控制和疫情的扑灭工作；负责植物、农作物从种植环节到进入批发、零售市场或生产加工企业前的质量安全监督管理；负责农产品市场信息管理和农业展览工作；依法管理农业标准化工作；依法组织符合农产品质量安全标准的农产品认证申报工作；负责农村信息化建设和农业信息网站建设和维护；负责渔业生产的行政管理，承担水产业发展政策规划的拟定和组织实施工作；负责渔业生产统计、经济信息分析，负责鱼种（种苗）管理；负责水产品疫病的防疫、检疫工作；水产养殖业务、养殖行业和水产种苗管理；养殖业科技推广；指导行业协会业务；负责种植业资源规划、资源环境保护、科技推广、质量、行业及农业机械化管理；负责种子、种苗（苗木）、农药、肥料等农业投入品的质量及渔药、渔业饲料、渔业饲料添加剂等水产养殖投入品使用的监督管理；参与基本农田保护区管护。
（六）综合协调科（政策法规科）
负责有关城乡工作的资料收集、整理、开发、归档；负责城乡事务综合性调研的组织、综合性材料及总结等的起草工作；综合协调区直涉农部门的有关工作；组织开展城乡改革与发展重大问题的调查研究，提出城乡经济与社会发展战略、规划和政策意见，提出处理城乡改革和发展重大问题的原则和措施，并进行检查监督；负责村居动态和信息的收集、整理、分析、综合等工作；协调起草区委指导城乡工作的重要文件、材料;组织城乡管理信息化工作的实施;负责政策业务培训工作。
综合协调区属涉农部门的有关工作；负责起草区委区政府指导农业和农村工作的重要文件；提出处理农村改革和发展重大问题的意见和措施；组织协调全区“三农”工作及有关农村管理政策性文件、细则的起草、实施；承担区委农村工作办公室的日常工作。
（七）扶贫办公室
负责扶贫开发和指导革命老区建设工作。
（八）监察室
负责执法、党风党纪和廉政教育工作；受理权限范围内的检举、控告和申诉工作人员行政违纪和执法违法案件；负责本级机关并指导下属单位的纪检、监察工作;负责信访工作。